Lasy Nadleśnictwa Borne Sulinowo corocznie zagrożone są żerem pierwotnych i wtórnych szkodników owadzich. Monitorowanie oraz walkę o zachowanie trwałości lasów prowadzi się poprzez wykładanie pułapek klasycznych, feromonowych, ścinkę i korowanie drzew zasiedlonych, a w ostateczności poprzez zwalczanie chemiczne.
W ostatnich latach zwalczano gradacje brudnicy mniszki.
Biologiczną walkę z patogenami grzybowymi prowadzi się poprzez zabezpieczanie pniaków preparatem PgIBL oraz, sporadycznie, przez mechaniczne usuwanie opanowanych drzewek.

Drogą stosowania szeregu zabiegów gospodarczych realizowana jest ogniskowo-kompleksowa metoda ochrony lasu. Zasadniczym celem tej metody jest podnoszenie biologicznej odporności drzewostanów poprzez sztuczne zagęszczanie populacji organizmów antagonistycznych w stosunku do organizmów szkodliwych oraz dokonywanie przekształceń w drzewostanach, stanowiących potencjalne ogniska gradacyjne. Dotyczy to fauny owadożernej, zwłaszcza ptaków oraz owadów, pająków, nietoperzy.

Ograniczanie szkód od zwierzyny Nadleśnictwo prowadzi poprzez indywidualne (chemiczne i mechaniczne) oraz powierzchniowe (grodzenia) formy ochrony drzewek.
W warunkach Nadleśnictwa Borne Sulinowo istotne znaczenie mają szkody powodowane przez czynniki atmosferyczne. W ostatnich latach były to m. in. długotrwałe susze, silne wiatry wywalające, późne przymrozki wiosenne i zastoiska mrozowe.

Ochrona przeciwpożarowa.
Od 2012 roku wszystkie lasy Nadleśnictwa Borne Sulinowo należą do II kategorii zagrożenia pożarowego. Dzięki zbiorowemu wysiłkowi pracowników Nadleśnictwa, systemowi monitoringu, patrolom naziemnym i lotniczym odnotowuje się niewielkie ilości pożarów i niskie straty biologiczne. Ilość pożarów w poszczególnych latach przedstawiono w tabeli.

Na terenie Nadleśnictwa znajdują się 23 punkty czerpania wody. Nadleśnictwo posiada 3 bazy sprzętu p.poż oraz samochód patrolowo-gaśniczy. Do monitoringu naziemnego służą dwie dostrzegalnie: drewniana w Leśnictwie Machliny i żelbetowa w Leśnictwie Liszkowo.